蔡明亮导演生涯最初的三部长片《青少年哪吒》、《爱情万岁》、《河流》，往往被称之为“水三部曲”。事实上，不仅是在这三部电影中，蔡明亮的所有作品中几乎都有水这一意象的出现，而“水三部曲”，正是蔡明亮对“水”意象的使用与把握不断趋于成熟的最初过程。
在《青少年哪吒》与《爱情万岁》中，蔡明亮影像中的水是他塑造独特空间的重要元素。《青少年哪吒》中，水是笼罩台北的夜雨，阴翳的大街上处处有积水，而躲入私人空间时，房间里同样脏水弥漫，没过脚踝。明显不同于《地久天长》中类似的水漫房间镜头，《青少年哪吒》房间中的脏水与《乡愁》中积水的废墟出于同源，以现实主义的逻辑（虽然并不一定十分合理）创造出一个带有表现主义、象征主义意味的画面，或者说，一种超然的压迫与虚无。直接从观感上就能理解，《地久天长》是极为现实主义的，其中水的出现是非常合理的，更主要的是，让人感到十分日常；《青少年哪吒》和《乡愁》中的水则是日常生活中的一种异物，即使这两处水的出现并非是超现实的奇迹，但水确实给它们创造了一种日常的非日常感，很容易让人联想到大洪水式的宗教意义。从陈昭荣到家的几次对脏水的特写中，漂泊无定的死蟑螂、拖鞋、烟头，流动的水一方面是主角们“无因的反叛”式青年迷茫的具象化，另一方面制造出墙上的粼粼水光，那又是无比纯净的折射，却也将水的空间压迫感弥漫至整个空间。
到了《爱情万岁》，这一部中最重要的“水”镜头则是小康、陈昭荣、杨贵媚三名主角在浴缸泡澡的画面。这时，充满整个空间（一个待售的空屋）的水不再是躁动、混乱、无序的脏水，纯净的洗澡水在此创造出了比脏水弥漫更有力度的镜头，而不仅是洗身这么简单（当然，我们也可以理解洗澡为情感迷惘的不断“秩序化”——洗去其他肮脏，只留呼吸、呆坐的念头，也就是本能、爱情的欲望）。只说小康将头埋下去憋气、再抬起来这一情节，实际上是与《蓝》中女主角游泳、憋气的几处镜头有异曲同工之处，而抛弃了《蓝》式强烈的配乐烘托，安静的《爱情万岁》使我们更容易在安静中陷入安静的小康，与他一同被水包围、抑制住呼吸，然后猛地喘气。缺氧的兴奋、呼吸的本能欲望是情欲的映射与指代，水的意象在《爱情万岁》中又增加了表现情欲的功能。
而在《河流》中，水这一意象则更为丰富了，不仅延续了前两作中水在于空间上的功能，而且在本作中拓展到了时间维度上。
蔡明亮在《河流》中的几乎所有地方都充斥了水：拍摄电影的毒河流、不断出现的桑拿房、被水淹没的家。
开头中的水是自然界的水，却因为人类活动染上了毒。而小康在水中演尸体憋气漂浮的镜头，虽然与《爱情万岁》中的洗澡有相似之处，但由于从近景切换成了远景，从私人空间变为了公共空间，这一动作的力度与情欲属性因此而衰减，在导演、摄像等等剧组人员甚至假人的凝视下，小康默默埋下头飘起来。作为开头，这一河流相关的情节是片中难得的暖色、群众、自然，之后便更多地聚焦个人、进入黑暗，而后续内容中如小康脖子的病这样个人的隐痛，来自于开头的自然、社会之“毒”。
桑拿房中，大多数情况我们看不到水，只有黑暗、昏黄的肉体，但水确实存在于整个空间，弥漫在人的皮肤上、空气里。这时的水再次塑造欲望的空间，但它主要借助光线与摄影传达出潮湿的触感、潮湿的呼吸。小康在桑拿房中游荡的长镜头，呼应的正是他自己与陈昭荣、苗天此前在城市中游荡的镜头，水作为欲望无处不在，驱使着人们行走。而讽刺的是，在被欲望驱使的桑拿房中，是父子二人最为亲近的时刻。
小康的家里，天花板上不断地漏雨，是对《青少年哪吒》的演进，也是对未来《洞》场景的预演。但在此片中，弥漫房间的水不再映射着青少年的迷茫，而是家庭关系混乱的象征。《河流》中的一家三口其实与《爱情万岁》中三人并无太大不同，孤独、渴望情欲。但《爱情万岁》中三人可以形同陌路，《河流》中一家三口必须逢场作戏、勉力维持表面的和谐，母亲出轨，父子同性恋乱伦，这些必须藏在房间里的暗流其实必须被打开，无法被永远隐藏。所以母亲打开了房门，冒着暴雨爬上了邻居的家关上水龙头，父亲打了儿子一巴掌。尤其在母亲爬楼一场戏中，水的冲击力与爆发力达到了巅峰，暗流在面对时成了暴雨。而父亲的一掌什么也也没有解决，母亲关掉龙头，天花板渗水也没有立即结束。
除却上述水意象的空间塑造，水在本作中同时具有一种时间性。几处喝水、撒尿的长镜头中，人成为容器，水慢慢进入人体，再慢慢流出去。正如《我想结束这一切》中的台词：“大家喜欢认为自己是穿行时间的点，但我觉得事实大概是反过来的，我们静止不动，时间穿过我们，像冷风一样吹，偷走我们的热量，让我们劈裂冻结。”水的时间性正体现于此。但恰好不同于查理考夫曼在《我想结束这一切》中所做的阿伦雷乃式的对时间的主观化处理，蔡明亮镜头中水的时间性体现方法是十分自然主义的，固定长镜头中，水在人体里缓缓流动，好像什么都没有留下，但李康生、苗天这些人，却在水的流动中暴露自己行尸走肉的躯壳，无能为力，只能看着水流把自己飘起来、浮着到随便哪里，控制的只有欲望与呼吸。