少年派的奇幻漂流开始于加拿大蒙特利尔，一位在寻找灵感的作家听说有一个被叫做派的人有一个故事可以让他相信上帝，于是他找到了派，并听到了两个故事。
派出生并成长与印度的朋迪榭里（英语Pondicherry，也译作本地治理），位于印度东南部，曾是法国殖民地。电影一开头，就像我们展示了这里优美的自然风光：被浓密绿荫覆盖的动物园里，矫捷的花豹、憨厚的大象、灵动的小鹿等各种动物构成了美丽自然的画面，配上极具印度风情的女声吟唱，令人仿佛置身伊甸园。李安自己也曾经说过：“在处理脚本的期间，我勘过景，法属印度真的是无与伦比。那里很独特，又不太为世人所熟悉。你可以把摄影机随地一摆就开始拍摄，画面照样美丽。”正如导演李安所说，朋迪榭里的确是美轮美奂，令人神往。
当然，李安并不是要拍一部动物题材或是风景宣传的影片。然而，正是因为主人公成长于这样的环境下，才有机会接触到东西方不同的宗教信仰。印度是一个多神，多信仰的民族，派小时也接触到了很多印度的神，其中最值得注意的是毗湿奴，他的肚脐上长了一株莲花，梵天由此而生，创造新世界。毗湿奴可以化身成十种不同的形象来拯救世界。接着，派又同时皈依了基督教，印度教和犹太教。
于是在一次餐桌上的谈话中，父亲对派的这种在不同宗教间徘徊的做法提出了看法。父亲是一个无神论者，他只相信理性思考，相信科学可以解决一切问题，并提醒派什么都相信就等于什么都不信。而派的母亲是一位佛教徒，她认为科学解决的是外在的问题，而信仰解决的是内心的问题。父亲是理性的代表，而母亲是信仰的代表，最终派选择了母亲，也即选择了信仰。
这里还要讨论一个问题，人可以同时信仰多种宗教吗？对这个问题，每个人的看法不一样，有人认为信仰就需要虔诚，又怎么可以同时信仰多种宗教呢，就像父亲说得那样，什么都信等于什么都不信。但在我看来，无论是哪种宗教，都是为了证明一种超越的存在，他是永恒不变的，是万物的根源，是宇宙天地运行的根本，他可以被称之为上帝。当然，这个上帝不一定就特指基督教的上帝，他可以使佛教中的佛，可以是伊斯兰教的安拉，也可以什么都不是，只是个人心灵上的存在，而派要寻找的正是这样一种超越的存在的上帝。一开始，他向宗教寻找，后来在海上他向内心寻找。李安自己也曾经说过：“重点是你面对环境，要思考上帝是什么，信仰是什么，心灵是什么。”
派相信动物也有灵性，并可以与之沟通，于是他试图与一只叫做理查德帕克的孟加拉虎沟通，结果被父亲训斥，并给他上了血淋淋的一课。看到这里，敏感的观众应该就能发现派与老虎之间的本喻关系了。理查德帕克原本是养育老虎thirsty的猎人的名字，结果猎人和老虎的名字互换了，这里也在暗指老虎和人本来就一体的。如果觉得牵强的话，那么接下来牧师对派说的“You must be thirty”，以及父亲说的“从它眼中反映出来的，只是你自己的投影。”就更进一步证明了我们的推测。实际上，老虎就是派的一部分，是他自己的兽性本能。在这里，他第一次认识到了兽性的本能，于是他困惑了，迷茫了，因为他突然意识到信仰无法解决这种兽性的本能。他转而相信父亲的理性思考，然而没有信仰的生活是及其空虚的，就想派自己所说的那样“在Apa的课之后，一切都变了，世界失去了它的一些魅力……”派烦躁不安的成长着，寻找一些能给生命带来意义的东西，直到他在上舞蹈课时遇到了初恋女友Anandi。他一路尾随Anandi，结果被发现，仓皇之中他编造了一个理由，说自己想向她询问舞蹈动作所要表达意思，她告诉了派那个动作代表莲花藏在深林中。这里又提到了莲花，前面我已经说过了毗湿奴的肚脐上长着一朵莲花。显然这里的对话不是随意为之，李安安排了一个隐喻，只是我们现在还看不懂。当派在无人岛的深林中发现了莲花时，观众也就恍然大悟了。
接下来，就是对派的信仰的试炼了，李安选择了大海。
父亲想要移民去加拿大，并把大部分的动物运到北美卖掉。于是一家人和一大堆动物登上了一艘开往加拿大的日本船。在船上，有两个人值得注意，一个是厨师，他是一个肉食主义者，因拒绝给派和母亲提供素食而与派一家发生了冲突。另一个是水手，他是一个佛教徒，相信肉汁拌饭不是肉。因为在之后的漂流中，这两个人扮演着重要的角色。
电影用大篇幅讲述了第一个故事，而第二个故事则只用几分钟就讲述完了。但正是第二个故事的存在，将电影的高度和思考的深度推上了另外一个层面。
派乘坐的轮船出了事故，水手将派推到了救生船上，厨师自己跳上了船，并试图割断绳索，这时一匹斑马跳上了船，将绳索坠段，厨师掉到了海里。小船被海浪推着离开了即将沉没的大船。接着，老虎借着派的木浆跳上了小船，躲在的船舱低下。然后派又救了坐着漂浮的香蕉的母猩猩。这样，船上就应该有一匹斑马，一只母猩猩，一只老虎和派，可实际上还有一只鬣狗，它从船舱里突然冒出来，咬死了斑马作为食物。这只鬣狗是什么时候上来的，电影里没有交代，让人看得有点莫名其妙，明明是一只老虎，怎么出来了一只鬣狗。其实，看了第二个故事就会明白，鬣狗就是厨师，斑马就水手，母猩猩就是母亲。在船出事的时候，厨师跳上了救生船，。鬣狗吃掉了斑马后，又杀死了母猩猩，派目睹了这一切，并大喊“不，不”，紧接着老虎理查德帕克从船舱里蹿出，于是小船上就只剩下派和这只老虎了。电影中并没有展现老虎是如何吃掉鬣狗以及母猩猩的尸体到底如何处置的。因为如果老虎代表派的兽性，那么他做了跟厨师一样的事情，吃掉了厨师，甚至有可能吃掉了母猩猩也就是母亲的尸体，这种场景是无法面对的。
于是，派将自己一分为二，一面是人性或理性，一面是老虎所代表的兽性或本能。一个人与一只虎漂泊在茫茫大海中，抬头只能看到天，远离了人类社会，信仰受到了最大的考验。是承认自己的兽性，还是坚持对上帝的信仰？（如前所说，这里所说的上帝并不是特指基督教的上帝）派开始了他的试炼。
在最初的漂流中，派视老虎为敌人，他用木浆和救生衣为自己做了一个小船，以使自己和老虎保持一定距离。派对上帝说 “无论发生什么，我想知道，给我看。”老虎是肉食动物，如果不想让它吃了自己，就得给它提供食物，于是派想到了钓鱼给老虎吃，免除自己被吃的危险。本来派是有机会杀死老虎的，但是他没有，因为老虎是派的兽性，而正是靠这样的兽性，派才能继续生存下去。在派杀死第一条鱼的时候，他显得十分痛苦，并祷告说“感谢你，毗湿奴。感谢你化身为鱼来救我。”这里，毗湿奴再一次出现，并化身为鱼来供老虎食用。我认为，毗湿奴象征着母亲，母亲化身为鱼供老虎食用也就象征着在现实中其实是派吃了自己的母亲。但是作为一个相信上帝存在的人，是不可能接受食母的现实的，于是他将这一切归咎于自己的兽性，也即理查德帕克的身上，所以才有了第一个故事。
接下来，派开始驯服老虎，二者不再是斗争的状态，而是能够和谐共处。引用电影中的一段台词来说明二者之间的关系最为合适“我们都是由同一个主人饲养在动物园里，现在我们已经成为孤儿，离开一起去面对我们最终的主人，离开了理查德帕克，我将立即死去。我怕它，它是我警觉；照顾它，给了我生活的目标。”
满天繁星的夜晚，派和老虎一起望向深海，借派的眼睛，我们看到了神奇的海洋生物，紧接着镜头仿佛逐渐拉远，出现了类似宇宙星空的图像，继续拉远，出现了莲花（注意，又出现了莲花），接着出现了母亲的形象，最后出现了那艘沉船的形象。正如我之前提到过的，母亲代表着肚脐是莲花形状的毗湿奴。毗湿奴创造了宇宙万物，化身成不同的形象守护万物。派在漂流的过程中几次提到过毗湿奴，我觉得这里毗湿奴实际上与宗教意义上的毗湿奴并不是完全一致，导演只是借助毗湿奴这样一种宗教形象来说明派所信仰的上帝。他是宇宙万物的根本，是起源，是永恒不变的，他存在于万物中，却超越万物，他是我们之所以存在的意义。
在暴风雨中，派看到了上帝之光，他跪在船舱上大声向上帝祈祷。可是理查德帕克却被这上帝之光吓坏了，他瑟瑟发抖，派向上帝质问道“你为什么吓坏了它？”作为人性的派始终相信上帝的存在，而作为兽性的老虎却无法与上帝共存。然而，在海上漂流的日子，派就是靠这兽性活了下来，这成为了他的一种支柱。上帝却无法容忍这样的存在，派似乎开始动摇了。
暴风雨过后，老虎奄奄一息，派伤心地抱着老虎，此时的他已经选择拥抱兽性，放弃上帝了吗？小船漂到了一座无人岛，这里有淡水，有成千上万只可供老虎食用的食物狐獴。派决定在这里生活下去，他将离开印度时女友在他手腕上系的手链绑在了一棵树上。为什么要有这样一个情节，我相信也不是随意为之。因为正是她告知派莲花隐藏在深林里，那么现在就是解开这一秘密的时刻了。到了晚上食人岛的狐獴全部都躲到了树上，淡水变成了酸水，腐蚀者池塘里的鱼。而派在树上发现了一朵莲花，莲花里边是一颗人类的牙齿。整个小岛的外形就像是一个平躺着的女人的身体，身体周围算潮涌动。显然，食人岛象征着母亲的尸体，牙齿代表了母亲的死亡， 而莲花一直是具有某种宗教意义的象征。我觉得这里有两个隐喻，一是告诉我们派吃了母亲这一事实，因为如果食人岛象征母亲的身体，那么酸潮就象征着人的胃液，胃液在消化尸体。另外一个隐喻，莲花中的牙齿，代表着母亲即毗湿奴的形象，也即派所相信的上帝。如果派留在岛上，承认自己的兽性，那么就等于承认了食母的事实，放弃了自己的信仰。最终派还是选择了相信上帝，离开食人岛。在海滩上派被救起，而老虎最终走进了深林，没有回头看一眼。派说“理查德帕克从来没有把我当做朋友”，在海上漂流时，不得不依靠兽性而存活下来，但是大多数情况下兽性必须完全得到压抑，这也是相信上帝的派所选择的。
跟第一个故事相比，第二个故事就显得非常的简短了，也非常的残忍，而这个故事就是那两个日本人要的。作家说他相信第一个故事。故事结尾也给我们抛出了一个问题“你相信那个故事？”当然，导演并不是想让我们探讨故事本身的真实性，而是让我们透过故事去探寻上帝是什么，信仰是什么，心灵是什么。
就我个人而言，我并不信仰任何宗教，但我也不是一个像派的爸爸那样的理性主义者。我觉得自己更像派，也曾经在各种宗教之间徘徊，但是我想寻找的是一种创造万物的超越的，永恒的力量，而不单单是在寺庙里烧香拜佛或者在教堂里做礼拜那样的宗教仪式。寻找到他，并与之冥合是生命的意义所在。我想这是一种无法用语言描述的东西，只能用心去感受。