軍事法庭由九個國家派法官組成,其中除菲律賓及印度外皆為受降國,澳大利亞的韋卜爵士(Sir William F. Webb, 1887-1972)被推為主審法官,美國的肯南(Joseph B. Keenan, 1896-1984)則擔任控方的主任檢察官。控方並聘請了三十四位律師,連同其他工作人員及翻譯約在百人之上,但據說法庭為戰犯只聘了四位律師,而且在開庭時,尚未離開美國。主審韋卜在首為開庭時曾宣告軍事法庭將在“不袒不懼的情況下,維持公正的裁判”,但不久則爭辯時起,疑竇叢生;言下之意,軍事法庭無法主持公正。大審中爭辯的焦點是戰爭責任應由誰負,主審法官力主日本天皇應負責任,如天皇無罪,則以下的大臣都不應對戰爭負責。但主控肯南在美國政府的授意下盡力為裕仁(昭和天皇,Hirohito, 1901-1989)脫罪;解釋天皇僅為傀儡,戰時內閣才應負一切責任;肯南的論點竟得到戰犯首相東條英機的支持,成為大審中戲劇化的高潮之一。