琴的能力觉醒还是在她八岁的时候，当时琴坐在后座，母亲开车带着一家人外出。突然，琴听到大脑里有人在说活。她并不知道，那是精神感应力探知到周围人的思维。惊恐中，她大声叫喊着，想制止“那人”的声音。坐在前排的父母回头望过来，恰在此时，车子与迎面而来的卡车相撞。
琴在惨烈的车祸中毫发无伤。医院里，她等来的是父母不幸遇难的噩耗。举目无亲的琴见到了被人称为X教授的查尔斯，第一次知道了这个世界上，还有个专门为她这种具有特殊能力孩子开办的变种人学校，泽维尔学校。站在学校大门前，琴有点犹豫。她不知道自己能否不造成破坏，不伤害到别人。在查尔斯的安慰下，她踏进了新的人生。
时间到了1992年，琴已经成长为X战警中的骨干成员，早已摆脱了童年时的阴影，还有了恋人斯考特。今年最大的新闻莫过于“奋进号”航天飞机升空，谁知在发射过程中，喷射器推力异常暴增，推力向量失控，无法进入预定轨道。技术人员初步断定，是太阳黑子爆发产生的闪焰破坏了推进器的电路结构。查尔斯和汉克忧心忡忡盯着电视屏幕时，时任总统布什打来电话，其目的不言而喻。
汉克变身通体蓝色的野兽，与搭档兼人生伴侣魔形女瑞雯一起，带领镭射眼斯考特、凤凰女琴、暴风女奥萝洛、夜行者寇特、快银彼得登上黑鸟战机。黑鸟从学校的地下基地起飞，全世界都在关注此次太空救援行动。琴隐隐感觉到一种不安，难以言说。
进入太空，众人看到就在地球轨道附近有团飘忽不定的闪焰。“奋进号”在闪焰前不停的旋转，就像被吸进旋涡的一叶小舟。斯考特最先行动，用镭射击毁不受控制的推进器，“奋进号”终于停止了旋转。在瑞雯的指挥下，寇特拉着彼得瞬移到“奋进号”内，同时奥萝洛控制住从缝隙中泄露的氧气。彼得以闪电般的速度解开四名宇航员的安全带，再全部瞬移到黑鸟的机舱内。
可忙中出错，在气闸抢救推进器的指挥官被落在航天飞机内。航天飞机在慢慢被闪焰撕碎，奥萝洛已坚持不了多少时间。负责现场指挥的瑞雯与地面指挥查尔斯产生严重分歧，瑞雯认为不应再让队员冒险救人，查尔斯则坚持必须救出指挥官。航天飞机被吸入闪焰的速度越来越快，船体也在撕裂。要执行查尔斯的要求，只有琴的心灵遥感能力。
琴被寇特带到“奋进号”内，努力创造出能量结界，保持船体稳定，对抗闪焰的引力。寇特抓紧时间，四处寻找指挥官。当指挥官被寇特救回黑鸟时，“奋进号”的船身像纸片一样碎裂开来。琴望向停泊在远处的黑鸟，起码她的牺牲是值得的。
航天飞机爆发出一团耀眼的火球。闪光过后，众人惊讶的看到琴一动不动的漂浮着，闪焰在她周围越变越小，直至消失得无影无踪。寇特不敢耽搁，立刻将琴带回黑鸟。看到琴微微睁开双眼，大家才松了口气。
黑鸟回到地面，受到群众潮水般的欢呼。学校的学生们也以热烈的掌声欢迎英雄归来，不过学生们更开心的是能放假一天。查尔斯关切的询问琴是否有不舒服，为防万一，还叫汉克检查一下琴的身体情况。等所有人离开，瑞雯才对查尔斯表达出强烈不满。过于保护人类，是查尔斯的软肋。为了人类，而让变种人冒越来越大的风险，其中的原因到底是什么。瑞雯觉得，查尔斯更像是为了自尊，奖章和杂志封面。查尔斯却有苦衷，帮助人类是变种人与人类和平相处的唯一途径。一个小小的差错就会引来极大的麻烦，人类与变种人对立的历史不能重演。
在医务室，当检查到基因数据时，琴能感觉到汉克内心出现波动，像是有问题。果然，仪器检测到琴变得更强大，连见多识广的汉克都没见过这样的能量数据，高得已经破表。除此之外并无大碍，被闪焰击中还能存活，已是不幸中的大幸。
当晚，就在学校孩子们围着篝火纵情狂欢，布什在白宫举办宴会表彰查尔斯时，瑞雯已萌生退意，无法再忍受查尔斯一些不顾及变种人安危的做法。只想和汉克找个平静的地方，过普通人的生活。如果不是汉克力劝，只怕她早已背上了行囊。
这时，监控系统检测到参加派对的琴体内能量骤增。琴又感觉到大脑里有奇怪的声音，想阻止这个声音，能量就从体内爆发。冲击波将周边的草坪、灌木硬生生削去一层，威力不亚于一颗炸弹。随后琴晕倒在地，失去知觉。
查尔斯火速返回学校，可是以他的能力也无法看透琴的思想。这还是首次发生这种情况，说明琴此次的突变过于强大。查尔斯不得不借助脑波增幅器强化自己的能力，进入琴的大脑。过去的十几年里，查尔斯在琴的内心建立起一道围墙，隔绝童年时的伤痛。而太空发生的不明事件，可能影响了琴，查尔斯建立起的那堵墙正在崩塌。琴正在反抗查尔斯进入自己的大脑，她听到了父亲的声音，这正是查尔斯一直在极力隐瞒的事情。琴在狂怒中，把查尔斯驱赶出自己的大脑。查尔斯已看到了琴内心渴望亲情，却又充满愤怒和痛苦，以前被阻隔的洪水正倾泻而下。
苏醒过来的琴得知自己让孩子们受伤，更加难过。伤心之余，她决定离开，去寻找自己的父亲。斯考特想劝说琴改变主意，但去意已决的琴让斯考特暂时失去意识，然后连夜踏出校门，追寻以前的生活。
琴不辞而别，就算查尔斯使用增幅器也无法找到她的下落。如果琴想去找父亲，查尔斯就知道她会去哪，但查尔斯担心的是，琴在那里不会得到好结果。
琴还记得以前的家。她按响门铃，门打开，一名中年男子站在门后。那就是琴的父亲约翰，家还是老样子，父亲则老了许多，憔悴了许多。一直以来，查尔斯都说约翰死于车祸。如今见到父亲，琴难掩激动的心情。约翰却异常冷淡，面沉似水。
进了屋，琴环顾四周。墙上挂着的照片都是父母亲的合影，居然没有一张琴的照片。琴向父亲投去疑问的目光，约翰坦承，他就从没想过去找琴。当年妻子惨死，约翰害怕了。他照顾不了女儿，或者说他都不知道那是个什么怪胎。所以他找来了查尔斯，编造了父母双亡的故事，让年仅八岁的琴去了变种人学校，甚至连句道别的话都没有。
琴不明白父亲当年为什么会做出这个决定，愤怒中，她看到了父亲脑海中的记忆。就在琴能力初醒的时候，正在开车的母亲受到影响，失去意识导致车祸发生。约翰的世界在那天就已经死去，从心底抹去了琴的存在。这才是当年的真相，琴满腔怒火瞬间化为内疚和自责。
查尔斯想阻止琴了解真相，但还是来迟了一步。琴迁怒于查尔斯，认为是查尔斯的欺骗才造成现在的情况。她撞破墙壁，飞到查尔斯和X战警面前。愤怒让琴的能力越发强大，寇特和快银接连出手都无法靠近，奥萝洛的闪电也被轻易撇到一边。查尔斯喝止众人，他们已无力对付琴，一切只是徒劳。
瑞雯走上前，好言相劝，想帮琴度过目前最艰难的时刻。但琴体内能量不受控制的爆发，瑞雯径直飞了出去，身体被墙壁上裸露的钢筋刺穿。见自己又伤害到他人，而且还是多年来一起出生入死的战友，琴悔恨交加，含着眼泪腾空而起，飞向自己都不知道的地方。
黑鸟返回学院时，天空阴云密布，正如查尔斯此时的心情。瑞雯被安葬在学校的墓地，斯考特想告诉学生们，琴并不是敌人，还会回到这个大家庭。可这些话，没人会相信，甚至连他自己心里都没底。
痛失热挚爱的汉克也认为是查尔斯没有及时疏导琴的不良情绪，日积月累才会发生这场悲剧。而查尔斯死不认错的态度，让他更加懊恼，开始认同瑞雯的看法。对孩子们的伤害不仅可能来自外界，还有可能来自查尔斯的错误思想，应当让变种人学生远离查尔斯。
琴蜷缩在胡同角落里，任凭雨水落在身上，想用雨水冲刷衣襟上的血迹。这是瑞雯的血，琴不敢相信自己会害死了一向对她关爱有加的瑞雯。她不明白自己到底是怎么回事，身体里到底出现了什么变化。不可能再回学校寻找答案，琴能想到的只有一个地方，万磁王埃里克的吉诺沙。
孤岛吉诺沙就像是变种人的世外桃园，不受人类的打扰。埃里克和琴有过一面之缘，阻止了岛上守卫对琴表现出的敌意。琴过来是想寻找答案，万磁王杀过那么多人，是如何心安理得的活着。埃里克承认，以前为了复仇杀过人，以为这样会平复复仇的怒火。但并没有用，送再多的人下地狱，都无法得到想要的生活，所以他停手了。
这不是琴想要的答案，因为她不知道该怎么停手，失控的时候就无法抑制体内能量的爆发。听到琴的话，埃里克开始逼问琴身上的血迹从何而来。他要激怒琴，看看是什么能量在困扰琴。
琴哪敢说出血是来自瑞雯。就在琴不知所措时，传来直升机引擎的声音。两架直升机落地后，数名特种部队士兵跳下来，成防御阵型，他们奉命抓捕琴。埃里克刚想否认琴来过吉诺沙，琴就已经飞上半空。只见她手臂一挥，一架直升机就倾覆，飞溅出的机械碎片向四面八方飞去。
埃里克见状大惊，拼尽全力才保住另一架直升机，让特种兵全部登机，再将他们送到安全地点飞离。琴表现出的能力大大超出埃里克的预料，他决定驱逐琴，否则很难保证其他变种人不被琴的能量伤害。
变种人琴袭击两个社区和军队的事情很快上了新闻，媒体又开始炒作变种人威胁论，总统也切断了与查尔斯的直线电话。联邦政府发布了通缉令，电视上时刻都在播出。琴坐在吧台前，平静的要了杯酒。她能控制周围人的心智，在他们眼里，吧台前坐的只是个糟老头。
一头银发的伍尔坐在了“糟老头”身边，别人看不出来，她却知道琴在寻找什么，而她正好掌握着琴想得到的答案。在太空中击中琴的并非太阳闪焰，而是一股纯粹且威力无法想象的宇宙能量，被称为“凤凰之力”。它是宇宙点燃生命的火花，也是摧毁德巴里帝国母星的烈焰。长期以来，伍尔等幸存者都在追踪凤凰之力，欲控制它并重建德巴里帝国。但凤凰之力毁灭其所接触到的一切，直到琴的出现。
在航天飞机发生事故时，凤凰之力被琴的自我牺牲意识所吸引，选择琴作为宿主，伍尔就在附近见证了这一时刻。地球上最强大的变种人拥有了银河系中最强大的力量却不自知，伍克要利用这一点，掌控“凤凰之力”，让德巴里种族在地球上重生。
琴被伍尔带到了德巴里幸存者驻地，一幢位于纽约闹市中心的豪宅。看到其他人眼中没有厌恶和恐惧，琴有了一种归属感。伍尔告诉了琴“凤凰之力”的来龙去脉，解答琴内心的困惑，还愿意帮助琴驾驭凤凰之力，进化成银河中最伟大的力量，创造崭新的世界。
伍尔的话极具煽动性，却唯独没有说出她的私心。琴觉得自己像是得到了解脱，人生又有了目标。那些不能理解凤凰之力的人，错怪了她的人，应当为之付出代价。而就在此时，曾经的朋友和战友找上了门，有人想杀她，也有人想救她。
不再认同查尔斯理念的汉克独自来到吉诺沙，想请埃里克帮忙寻找琴。埃里克得知瑞雯死于琴之手，盛怒之下发誓要杀了琴为瑞雯报仇。当遍布全世界的眼线报告琴出现在纽约时，埃里克猛然想到自己的疏忽，立刻取出尘封多年的头盔戴在头上。随后他带领左右护法红莲、黑皇后，和汉克一起赶往纽约。
查尔斯即使使用脑波增幅器也无法追踪到琴，但他转而探寻埃里克的思维。在埃里克戴上头盔前，成功获知琴在纽约。查尔斯很清楚埃里克的行事作风，他不仅会杀了琴，还会杀了任何敢于挡路的人。所以查尔斯本想由自己和斯考特去营救琴，但暴风女奥萝洛执意同往。
夜行者寇特展现能力，将查尔斯三人瞬移到纽约。在豪宅门外，拦住了埃里克和汉克。汉克不想多说废话，手脚并用如野兽般扑向琴所在的大宅。双方在纽约街头展开混战，引起一片恐慌。就在双方相持不下时，埃里克操控一列地铁破土而出，挡在大宅门前。
埃里克一个人走进大宅，正看到等候多时的琴和伍尔。琴站在二楼廊台上，居高临下的看着门厅中的埃里克。已明白自身力量的琴毫无惧色，伍尔双手抱在胸前退到一边， 看看琴会如何反击。埃里克很快发现，自己的能力在琴面前根本不起作用。戴在头上的头盔反而在琴的意念下四分五裂，随后埃里克被一股力量推了出去，撞碎玻璃窗，摔在街头无法动弹。
查尔斯不再恋战，急命寇特把自己传送进大宅。看着面无表情的琴，他想唤醒琴的良知。但受到伍尔蛊惑的琴又不再是以前的凤凰女，而是黑凤凰。琴操控着查尔斯的身体从轮椅上站起来，像木偶一样摇摇晃晃走上楼梯。就在琴享受着复仇的快意时，眼前突然浮现出查尔斯的点点滴滴。当年父亲抛弃了她，是查尔斯接受并耐心的教育她，有如父亲般的呵护她，对她不离不弃，始终抱有希望。
现在，自己又在伤害有养育之恩的人，琴意识到伍尔勾画的未来，不是她想要的世界。如果伍尔想要，就拿走“凤凰之力”，琴只想得到自由。这正是伍尔想达到的目的，迫不及待的从琴身上吸取能量。这时，斯考特冲了进来，用镭射将正在吸取“凤凰之力”的伍尔射上了屋顶，琴随之瘫倒在地。
政府部队已控制屋外情况，抓住了所有闹事的变种人。包括昏迷不醒的琴在内，九名涉嫌危害公共安全的变种人被押上列车，连夜送往变种人管制中心收押。车厢里，查尔斯终于向汉克承认自己欺骗琴的方法不正确，可又有什么用呢。查尔斯能看出来琴的本性未泯，瑞雯的死并不是琴有意为之，真正的罪魁祸首是琴体内的神秘力量。不管那股力量是什么，伍尔只是吸收了一小部分，必定不会满足，还会来吸走所有能量。汉克也许不关心琴的生命，但伍尔会危及整个地球，那绝不是瑞雯想看到的。
果不其然，一伙不明人员快速接近列车。看守人员只当是来营救同伴的变种人，根本不理会查尔斯的警告。当他们发现用于制服变种人的特制子弹和装备在那些人身上毫无作用时，方知自己大错特错。相反，配备的重机枪能够射杀敌人，可这种武器在列车上少之又少。除了打开束缚着变种人的电磁镣铐，已别无他法。
刚才还为了琴大打出手的双方，此刻又为了保护琴联合在了一起。他们要完成瑞雯的遗愿，把琴从困顿中拯救出来。汉克怒变成野兽，第一个动手，其他人紧随其后。暴风女一飞冲天，一道道闪电击向车顶的敌人。埃里克、黑皇后、红莲个个下手毫不留情，寇特也甩动恶魔长尾大开杀戒。斯考特架着查尔斯奔向关押琴的另一列车厢，沿路用镭射激光主射倒一个又一个敌人。
随着万磁王埃里克攥紧拳头，德巴里几名主将被收紧的车厢夹成肉泥，正面战斗结束，只剩车顶残留的一些虾兵蟹将。但伍尔现身，让局势随即逆转，变种人几无还手之力。伍尔轻松就打倒了野兽、暴风女和夜行者，埃里克守在车厢一头，列车上装备的一把把自动步枪、手枪悬于半空，枪口齐刷刷对准伍尔。子弹如雨点般射向伍尔，却并没能减缓她迈向前的步伐。
埃里克的背后，查尔斯在琴身边忏悔。他以前试着赶走琴童年的悲伤，却没能成功。琴的声音在他的脑海里想起，责怪他所做的只是把伤痛掩埋。琴把查尔斯拉进自己的内心，在这里，童年时的琴才能得到宁静。或许查尔斯没能让琴真正走出伤悲，但仍尽心尽力的保护着琴，让琴没有失去童年的快乐。所以现在，琴选择原谅查尔斯，而琴也知道自己该怎么做。
伍尔轻轻一挥手，埃里克的身体就飞了出去。斯考特也被伍尔反弹回来的镭射击中，倒在地上痛苦的喘息。琴睁开双眼，催动凤凰之力，在每个变种人周围创造出能量结界，保护家人不受伤害。其他的敌人，则全部和列车一起化为碎片。
伍尔不甘心失败，不顾一切的扑上前，掐住琴的脖子，拼命吸取能量。可她马上发觉，凤凰之力不是她所能轻易驾驭的。再想放手，已然不能。琴抓住她的手腕，能量源源不断急速的涌进伍尔体内。二人周围形成一圈能量旋涡，如果以这种方式杀死伍尔，也会害死倒在附近的斯考特等人。
琴即不能让伍尔有时间慢慢吸收凤凰之力，又不能伤害其他人，唯有像凤凰一样自我牺牲。琴拉起伍尔飞入太空，如凤凰展翅，与伍尔在能量旋涡中化为灰烬，用涅槃换来了真正的自由。