第1集 我想做好人 Hungry

一个基因变种人有着无法抑止的吃人脑的欲望。但他想做个好人。

第2集 幸运儿 The Goldberg Variation

一个善良的家伙有着难以置信的好运气，他和懂得平衡自己拥有的好运，并运用它们来攒钱帮助一个肾衰竭的孩子做肾移植手术。

第3集 第六次大灭绝（上） The Sixth Extinction

Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来帮忙，他们了解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻找治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了。

第4集 第六次大灭绝（下） The Sixth Extinction II: Amor Fati

Kritschgau 指出Mulder现在的情况是因为曾感染黑油，飞船碎片的出现激活了黑油发生作用。CSM知道Mulder现在是继Spender的母亲之后又一例成功 alien/人类混种，而且是更加稳定无排斥的品种。他带走Mulder，实施手术移植他的脑部遗传物质到自己身上。Mulder一直在做梦，梦中他在 CSM的诱惑下经历了完全不同的人生。

第5集 千禧计划 Millennium

一个叫做千禧组织的邪教团体召唤了四个活死人，意图通过仪式迎接世纪末的世界末日。Mulder和Scully找到曾是千禧组织成员之一的前FBI探员帮助破案。

第6集 急速快感 Rush

几个孩子发现了一个山洞的秘密，被洞里的神秘光线照过之后，他们能够以肉眼捕捉不到的高速运动。

第7集 替天行道 Orison

2X13里的恋物癖被一个传教士出于替天行道的目的放出了监狱，但他低估了这个变态的邪恶程度。Scully再次成为了这个变态的目标。

第8集 魔术大师 The Amazing Maleeni

魔术大师马里尼在完成他的绝技——头颅旋转180度的表演后，被发现尸首分离死在自己的货车上，另一个与他有瓜葛的魔术师成为了嫌疑犯。Mulder和Scully却发现这一切可能只是场魔术骗局。

第9集 不义之徒 Signs & Wonders

传教士Mackey的和善外表下是恶魔的心，只有同一教区的另一位另类神父看穿了他。Mackey使用种种卑劣手段打击栽赃这位神父。连Mulder和Scully都被他们的外表欺骗了。

第10集 生命的奇迹（上） Sein Und Zeit

发生了多宗儿童绑架案。Mulder认为案件和Samantha的失踪有关。追随线索，他们发现凶手是个嗜杀儿童的杀人狂。Mulder的母亲自杀了。

第11集 生命的奇迹（下） Closure

被杀的儿童里没有Samantha。但有个人通过这个案件联系上Mulder，声称能帮Mulder找到他妹妹。最后Mulder终于知道Samantha很早就死了，她的灵魂和许多其他奇异失踪的孩子的灵魂在一起，安全而快乐。Mulder自由了。

第12集 Ｘ警察 X-Cops

X档案与Cops的Crossover，忠实记录了Mulder和Scully协助警方追捕月圆之夜的“怪物”——恐惧的过程。

第13集 虚拟战斗 First Person Shooter

游戏公司测试虚拟现实第一人称射击游戏时，测试人员意外死于游戏中——被一个非游戏角色的虚拟人物杀死。Mulder和Scully全副武装进入游戏调查真相。

第14集 夺命魔咒 Theef

誉满业界的医生曾经为一名无治疗希望的病人实施了安乐死。病人的父亲认为医生是杀手，决心用巫术报复医生全家。

第15集 尔虞我诈 En Ami

CSM利用Scully达成他的目的，在Scully和CSM的合作过程中，她多少了解到了他的另一面。

第16集 贤妻良母 Chimera

善良能干的妻子对丈夫偷情视而不见，宁愿默默忍受也要维护家庭的幸福。但忍受到了极限就一定会爆发，她变成了连自己都不认识的怪物。

第17集 人生旅途 all things

Mulder匆匆赶去英国看麦田怪圈，Scully留在华盛顿遇到了自己的旧情人，让她有机会对自己做出的选择进行了深刻的反省。

第18集 超级烟草 Brand X

Morley烟草公司利用转基因技术培育新品种烟草，却意外改造出了致命的烟草甲虫。Mulder成为了甲虫的受害者，生命垂危。

第19集 好莱坞式Ｘ档案 Hollywood A.D.

Mulder和Scully发现了耶稣让拉撒路复活时使用过的陶土碗。好莱坞把他们的经历拍成了电影，请Skinner担任副制片人。

第20集 斗阵俱乐部 Fight Club

通过捐献精子由同父异母所生的一对完全相像的双胞胎相遇，周围的人们便会莫名其妙地陷入疯狂。两对这样的双胞胎在全是摔角迷的摔角赛场相遇⋯⋯

第21集 三个愿望 Je Souhaite

来自法国的古老的地毯精灵被释放了，她能满足任何释放她的人任意三个愿望。

第22集 安魂曲 Requiem

Mulder 和Scully回到他们第一次合作办案的厄勒冈，调查当地一起飞船坠毁事件。CSM自从手术后就身体欠佳，听到消息异常兴奋，认为是复兴计划的机会，派出 Krycek寻找飞船。MS发现，曾被劫持过的人现在又开始一一失踪了，他担心Scully的安全。但是，最后被飞船和赏金杀手带走的却是Mulder。 Krycek无情地杀死了CSM。Scully怀孕了。